化学交联质谱（Cross-linking Mass Spectrometry，简称XL-MS、CL-MS或CXMS）是一种结合了化学交联技术与质谱技术的研究手段，在生命科学研究的前沿领域，主要用来解析蛋白质的空间结构、捕捉蛋白质间的瞬时相互作用，是揭示细胞功能、疾病机制与药物作用靶点的关键！
 

核心原理：晶体与X射线
1.    交联剂：常用交联剂（如 DSS、BS3、DSBU 等）有固定臂长，仅当两个氨基酸（多为赖氨酸K、脯氨酸N端等）间距≤臂长时，才会形成共价交联，相当于给蛋白间的 “近距离接触” 盖章存档。
2.    质谱鉴定：交联后的蛋白经酶切产生肽段，其中交联肽段携带互作界面与空间信息；通过液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）分析，精准识别交联肽段的序列与交联位点，获取 “距离约束数据”。
3.    结构解析：基于交联位点的距离信息，结合生物信息学分析，重建蛋白质或复合物的三维结构，清晰呈现动态构象与互作网络。
 

实验流程
1.    交联剂选择：根据研究目的（体外/活细胞、交联位点偏好）选DSS、BS3、DSBU等；
2.    交联反应：体外（毫摩尔级交联剂）或活细胞内进行，固定蛋白互作；
3.    蛋白酶切：用胰酶等将交联蛋白切成线性肽段与交联肽段；
4.    交联肽富集：通过亲和捕获等方法，从复杂肽段中特异性富集交联肽，提升检测灵敏度；
5.    LC-MS/MS分析：高分辨率质谱检测，获取交联肽段的质量与序列信息；

6.    交联位点鉴定：专用软件分析质谱数据，精准定位交联氨基酸残基；

7.    质量控制：过滤假阳性结果，确保数据可靠性；

8.    生物学应用：结构建模、互作网络分析、药物靶点验证等。
 

技术优势：
•    捕获弱/瞬时相互作用：传统技术难捕捉 “秒聚合、秒解散” 的生理互作，XL-MS可共价固定这类动态过程，还原生理原貌；
•    样品要求低、通量高：样品需求量少（微克级），可批量分析蛋白组水平的互作网络；

•    空间分辨率精准：可定位到单个氨基酸残基，精确解析互作界面，为药物设计提供关键表位信息。
 

应用场景：
1.   蛋白质三维结构解析
与冷冻电镜联用，解析传统技术难搞定的动态/柔性区域，如核孔复合物、细胞骨架蛋白等，互补空间信息，提升结构解析精度。
2.   蛋白质-蛋白质互作（PPI）研究

直接标记互作界面，区分直接/间接互作，弥补亲和纯化的背景干扰缺陷；
3.    病毒-宿主互作与疫苗研发

如新冠病S蛋白与ACE2受体结合瞬间的 “RBD开放” 构象，为中和抗体设计提供关键依据。

4.    药物靶点验证与机制研究
定位药物与靶蛋白的结合界面，解析药物诱导的蛋白构象变化，助力药物优化与副作用机制研究。
5.    疾病机制与生物标志物发现
分析病理状态下蛋白互作网络的异常变化，挖掘疾病特异性标志物，为精准医疗提供靶点。
 

化学交联质谱技术平台
达远辰光有着计算化学博士与冷冻电镜技术专家团队支持，提供专业的蛋白结构与功能解析服务，目前已交付多项化学交联质谱业务，提供长短臂、可裂解、可富集等数十种交联剂选择，实现从动态构象到原位互作的全场景高精度解析。不仅如此，业务版图还涵盖膜蛋白表达纯化、蛋白结构解析、计算化学及计算生物学分析，构建「湿实验+干计算」一体化服务体系。结合不同研究方向、样品类型与实验目标，提供高度定制化技术方案，贯穿样品前处理、原始数据收集、高阶结构解析全流程，为各类生命科学研究与药物靶点开发，提供稳定、可靠、专业化的技术支撑。