在药物研发的漫长历史中，能够精准打击和消灭致病蛋白一直是科学家们的终极梦想。近年来，靶向蛋白降解（Targeted Protein Degradation, TPD）和分子胶（Molecular Glue）技术的兴起，让我们看到了前所未有的希望。而在这场技术革命中，一个名为DDB1的蛋白正逐渐从幕后走向台前，成为连接基础研究与新药开发的关键枢纽。
 

认识DDB1：E3泛素连接酶复合物中的“适配器”

DDB1全称是DNA损伤结合蛋白1（DNA damage-binding protein 1）。它并非孤军奋战，而是CUL4-RING E3泛素连接酶（CRL4）复合物中的核心“适配器”或“组装平台”。如果把CRL4比作一台精密的“蛋白质粉碎机”，那么它的工作流程大致如下：
CUL4是“骨架”，负责撑起整个机器；
RBX1是“引擎”，负责启动泛素传递；
底物受体（Substrate Receptor）是“识别器”，负责寻找并抓住要降解的靶蛋白；
DDB1则是关键“适配器”，它将“识别器”（底物受体）牢牢地固定在“骨架”（CUL4）上，确保整个机器能精准地抓住并处理目标。没有DDB1的精准衔接，细胞就无法完成对损伤蛋白质的定位和标记。

分子胶水与PROTAC的新靶点

在过去的药物研发中，很多导致癌症的蛋白因为没有合适的“口袋”让小分子结合，被归为“不可成药”靶点。但 PROTAC和分子胶技术的出现改变了这一切。分子胶和PROTAC，大多通过靶向CRBN、VHL等常见的“底物受体”来发挥作用。而DDB1作为连接“骨架”和“受体”的枢纽，为药物设计提供了一个全新的思路——直接靶向这个适配器本身。

1. 直接招募DDB1的降解剂
科学家们已经开始设计能直接结合DDB1的双功能分子。例如，一种名为SZ-2的分子，一头结合DDB1，另一头结合组蛋白去乙酰化酶（HDAC），从而有效地诱导了HDAC1和HDAC2的降解，为治疗多发性骨髓瘤提供了新策略。
 

基于DDB1的HDAC降解酶分子设计

2. DDB1介导的“非经典”分子胶
药物研发人员设计出一种双头分子（PROTAC）或分子胶，一头抓住目标致病蛋白（比如肿瘤驱动蛋白 BRD4），另一头抓住绑定在DDB1上的受体（如 CRBN）。DDB1凭借其极具柔性的三叶草（β - propeller）结构，能够拉近目标蛋白与E3酶的距离，迫使靶蛋白被贴上泛素标签并送进“蛋白酶体垃圾桶”降解。这一发现表明，药物可以不通过底物受体，而是直接“劫持”DDB1这个适配器来招募并降解全新的靶点，极大地拓展了可降解的蛋白范围。

CUL4-DDB1-CRBN构象的3D蛋白质结构图

DDB1（紫色）就像一个稳固的转换支架，将 CUL4 骨架与底物受体 CRBN 紧密相连

基于DDB1的药物研发进展

目前，靶向DDB1的药物研发主要集中在分子胶水领域，多个有前景的管线正在推进：

•    第一代与第二代免疫调节药（IMiDs）：

来那度胺（Lenalidomide / Revlimid）& 度伐度胺（Pomalidomide）：广泛用于多发性骨髓瘤的治疗。它们作为分子胶，嵌入DDB1-CRBN 复合体中，降解 IKZF1/3等转录因子。其中一些候选分子（如B12）已展现出良好的口服生物利用度和体内药效。
 

iMiDs诱导的CRBN从开放构象到闭合构象的结构转变

开放状态（上图，PDB ID：8CVP）和闭合状态（下图，PDB ID：8D81）
 

•    新一代 CELMoD 分子胶（临床在研/推进中）：

Iberdomide (CC-220) & Mezigdomide (CC-92480)：这些“次世代”分子胶能大幅度偏向诱导复合体达到闭合构象，展现出比来那度胺强数百倍的降解活性和克服耐药的能力。 

•    临床阶段的 PROTAC降解剂：
来自 Arvinas、C4 Therapeutics、BMS及Nurix等顶尖抗癌药企的诸多PROTAC分子，均选择用DDB1-CRBN复合体来降解传统抑制作用无效的致病蛋白。
•    非经典降解模式：
研究发现，CDK抑制剂CR8能改变CDK12的构象，使其意外获得与DDB1结合的能力，从而降解细胞周期蛋白K。这再次证实了直接靶向DDB1的可行性。
 

DDB1的优势与挑战

优势：
全新机制：绕过了CRBN等传统靶点，为解决耐药性问题提供了新路径。
拓展靶点空间：能靶向那些难以被传统抑制剂或CRBN降解的蛋白。
高特异性：通过精确诱导蛋白-蛋白相互作用，可实现高度选择性的降解。
挑战：
理性设计难度高：分子胶水的发现往往带有偶然性，如何系统性地设计和优化仍是一大挑战。
潜在的脱靶风险：DDB1是多个CRL4复合物的核心组分，干扰其功能可能影响多个生理过程，带来潜在毒性。

DDB1作为CRL4 E3泛素连接酶复合物的核心适配器，为靶向蛋白降解领域打开了一扇新的大门。从直接招募DDB1的PROTAC，到“非经典”的分子胶，针对DDB1的策略正展现出巨大的潜力，有望克服现有疗法的耐药性，并靶向更多“不可成药”的蛋白。
随着对DDB1作用机制的深入理解，以及AI辅助药物设计等新技术的应用，我们有理由相信，DDB1将成为下一代蛋白降解药物研发的重要战场，为癌症等重大疾病的治疗带来新的曙光。
 

参考文献：
[1] Liu, M., Wang, Y., Teng, F. et al. Structure of the DDB1-AMBRA1 E3 ligase receptor complex linked to cell cycle regulation. Nat Commun. 2023. 14: 7631.
[2] Fischer, E., Böhm, K., Lydeard, J. et al. Structure of the DDB1–CRBN E3 ubiquitin ligase in complex with thalidomide. Nature. 2014. 512: 49–53.
[3] Langousis, G., Gainza, P., Hunkeler, M. et al. A degron-mimicking molecular glue drives CRBN homo-dimerization and degradation. Nat Commun. 2025. 16: 10157.
[4] Suzanne, O’., Zoe, J., Angus, D., et al. Tuning the open-close equilibrium of Cereblon with small molecules influences protein degradation. BioRxiv. 2025.12, 19: 695617.

[5] Zhai S.Y., Willemsen D.N., Sun T., et al. Targeted histone deacetylase degradation via chemical induced proximity by direct recruitment of the CUL4 complex adaptor protein DDB1 . ChemRxiv. 2025.